Помимо глин в известняках наблюдаются примеси свободной кремнекислоты в виде кварца, халцедона, опала и коллоидной кремнекислоты, окислов железа, пирита, марказита, сидерита, целестина, барита, гипса, фосфорита и ряда других веществ. Почти постоянным спутником карбоната кальция является карбонат магния, который образует с ним двойную соль - доломит. В зависимости от того, в каком количестве и в виде какой соли присутствует ион Mg2+ в известняке, последний называется либо магнезиальным. При содержании в известняке от 5 до 30% глинистого вещества его называют глинистым известняком, а при наличии 30-50% этой примеси - мергелем. Известняки, пропитанные кремнеземом, носят название кремнистых известняков. Они очень твердые и прочные. Известняки с кварцевыми зернами называют песчанистыми.

В карбонатных породах наблюдаются включения кремнезема также в виде кремневых желваков и прослоев, почти нацело состоящих из халцедона. Фосфоросодержащие минералы содержатся в известняках в виде песчинок, желваков и обломков скелетных частей организмов. Фосфаты часто как бы пропитывают известняковую породу, не нарушая ее строения. В известняках присутствуют преимущественно фосфаты группы апатита, содержащие кальция. Пирит и марказит (FeS2) встречаются в виде тончайшей рассеянной в породе пыли. В результате окисления FeS2 в известняке образуются гидраты окиси железа. В виде желваков, рассеянных кристаллов и даже прослоев встречается сидерит (FeC03).

Характерно, что преобладающее большинство примесей в известняках не образует с СаСОз твердых растворов, а присутствует в нем в виде самостоятельных соединений. Следовательно, известняки представляют Собой механическую смесь различных минералов или в отдельных случаях (например, с MgC03) их двойные соли.